Картофите, тиквичките, доматите, предварително постоялите в солена вода, се отцеждат и се нарязват на кубчета или на кръгчета по желание. Чушките се режат също така, а лукът и морковите - на ситно.

Всичко се задушава според реда на омекване. Слагат се подправките, солта. Сместа се изсипва в тавичка или се реди на пластове, като всеки пласт е от различен зеленчук, след което се слага се зехтинът.

Пече се в умерена фурна или на ниска температура с фолио за по-дълго време. Когато е почти готово (всичко е омекнало), зеленчуковат смес се вади, залива се с разбитите яйца с кисело мляко и се пече на горната скара, докато хване златиста кора.

Мусаката се поднася поръсена с магданоз и по желание със сос от кисело мляко и чесън.