Най-малко четири неизвестни досега варианта на SARS-CoV-2 бяха открити в канализацията на Ню Йорк от учени, ръководени от експерти от Университета на Мисури. Детайли за изследването са публикувани в списание Nature Communications.
Нито един от тези варианти не е откриван в проби от хора. Не е ясно доколко са заразни за хората. Но учените считат, че тези вирусни линии могат да доведат до появата на нови варианти, устойчиви на естествено придобит или предизвикан от ваксина имунитет.
Тъй като пробите от отпадъчни води съдържат амалгама от линии - наречени така, защото са с общ произход от известен вирус, докладът казва, че не е възможно да се реконструират отделни геноми с помощта на стандартни методи. Около два пъти месечно от юни 2020 г. те секвенират SARS-CoV-2 РНК, изолиран от суровия поток във всичките 14 градски пречиствателни станции за отпадъчни води. През януари 2021 г., пише Times, те започнали да извършват целенасочено секвениране на пробите, като се фокусират върху части от гена на изключително важния шипов протеин на вируса.
В крайна сметка те установяват, че загадъчните линии са мутирали през това време.
Изследователите откриват, че тези линии се появяват многократно само в малка част от 14-те пречиствателни станции, но няма да разкрият местонахождението им. Повечето полиморфизми оставали в канализацията, където ги открили, но следите на едно място били открити в отпадните води на съседна пречиствателна станция.
За по-подробно проучване били определени четири пречиствателни станции. Всяка от линиите, открити в тях, съдържа най-малко пет полиморфизма, а един показва 16. Някои съдържат прилики с Omicron и няколко показват резистентност към някои антитела.
Обърнато е внимание и на движението на населението в града. Нюйоркчаните и всички варианти, които може да са носили, обикновено се движат из града, въпреки че броят им е съществено намален заради локдауна. Но след като са го локализирали на много малка площ от канализацията, авторите предполагат, че това не е заразен човешки патоген.
Джон Денехи, вирусолог от Queens College в Ню Йорк и автор на статията, спекулира, че последователностите може да идват от хора в дългосрочни здравни заведения само в няколко района на града. Но той не успява да го докаже.
Като алтернатива, отбелязаха изследователите, такива линии може да съществуват в области на тялото, които стандартните тестове за тампон не покриват. Възможно е те "да се възпроизвеждат в чревните епителни клетки и да не присъстват в назофаринкса…“
Много учени теоретизират, че Омикрон се е появил от имунокомпрометиран пациент и наистина хората, които имат компрометирана имунна система, може по-трудно да се преборят с вируса, давайки му повече възможности да мутира.
Вирусологът от Университета на Мисури Марк Джонсън е на мнение, че последователностите идват от животни - вероятно няколко специфични популации с териториални граници. В подкрепа на теорията му е, че през май и юни 2021 г., когато броят на случаите на COVID-19 в Ню Йорк е нисък, са се появили повечето от странните линии във вирусната РНК в отпадъчните води, което предполага, че източникът им може да не са хората.
Първоначално изследователите смятат, че източникът може да са катерици, скунксове, кучета, котки и плъхове. "Това е много безразборен вирус", казва Джонсън пред Times. "Може да зарази всякакви видове." Изследователите се насочват към разпространението на коронавирусни мутации, потенциално заради плъхове.
Отпадъчните води отново дали повече информация, тъй като животните оставят след себе си други генетични следи. Джонсън създава псевдовируси със същите мутации като в загадъчните линии. С тях той успява да зарази клетките на мишки и плъхове. Докато оригиналната версия на вируса SARS-CoV-2 не заразява гризачи, някои варианти, като Бета, могат.
Но досега няма признаци на вируса в кръвни и фекални проби от местни плъхове.
Доказано е, че хората могат да предадат вируса на животните, а впоследствие той може да мутира там и да зарази отново хората.
Но няма доказателства, показващи, че вирусът циркулира в плъхове и във всеки случай не е известно как хората биха могли да ги заразят.
Екипът търси други щати за потенциално изясняване на произхода на загадъчните линии. Досега подобни резултати са открити от учени, изучаващи отпадните води в Калифорнийския университет в Бъркли. Те са анализирали данни "от близо 5000 други проби от отпадъчни води в световен мащаб, обхващащи 2020–2021 г., включително 172 проби от щата Ню Йорк", се посочва в доклада. "От всички проби само седем, всички от канализацията на щата Ню Йорк, имат последователности, наподобяващи линиите, които описахме“, казва Джонсън.
