Учените от лабораторията Cold Spring Harbor (CSHL) са разработили първия в света мобилен анализатор на генома, ново приложение за iPhone, наречено iGenomics.
С помощта на iPhone и ръчен ДНК секвенсор, потребителите могат да създадат мобилна генетична лаборатория, напомняща на "трикордера" в Star Trek. Приложението iGenomics работи изцяло на iOS устройство, като намалява нуждата от лаптопи или голямо оборудване на място, което е полезно за хората, които работят в условията на пандемия или изследват околната среда.
iGenomics помага, като прави изследванията на генома по-преносими, достъпни и достъпни.
Аспин Палатник (Aspyn Palatnick) програмира iGenomics в лабораторията на доцент Майкъл Шац (Michael Schatz) в CSHL в продължение на осем години, започвайки от 14-годишен стажант - гимназист.
Приложението за iPhone е разработено, за да допълни малките устройства за секвениране на ДНК, направени от Oxford Nanopore. Палатник, сега софтуерен инженер във Facebook, вече има опит в създаването на приложения за iPhone, когато се присъединява към лабораторията Шац.
"Макар секвенсорите да стават все по-малки, липсвааха налични технологии, които да позволят да се изследва ДНК на мобилно устройство. Голяма част от изучаването на ДНК - подравняване, анализ - се извършва на големи сървърни клъстери или лаптопи от висок клас", разказва Палатник.
Потребителите ще могат да анализират ДНК в най-отдалечените места - дори тези без достъп до интернет.
iGenomics скоро може дори да попадне в ръцете на астронавтите.
"Има голям интерес да се направи секвениране на ДНК в космоса. Опитвам се да видя дали има начин да доставим iGenomics там. Има много хора, които се интересуват от него", съобщава Шац.
15-годишният Аспин Палатник изучава основите на геномния анализ в лабораторията на Майкъл Шац в лабораторията Cold Spring Harbor през 2013 г. Кредит: CSHL
Алгоритъмът iGenomics може бързо да картографира ДНК последователностите на вирусни патогени, като грипен вирус или вирус на Зика, и да идентифицира мутации, важни за диагностиката и лечението, пишат Палатник и Шац за разработката си в списание Gigascience. Те също така предоставят онлайн урок за анализ на други вирусни геноми, например от пациент с SARS-CoV-2.
Шац мечтае, че това устройство ще помогне както на специалистите, така и на обикновените граждани.
"Днес всички носим професионални камери в джобовете си, така че не е толкова трудно да си представим през следващите няколко години, всички да носим и собствени ДНК секвенсори на смартфоните си. Има толкова много възможности за измерване на нашата околна среда и издирване на патогени, може би дори даа правим сканиране на себе си", коментира Шац.
Справка: Gigascience (2020). DOI: 10.1093/gigascience/giaa138
The world's first DNA 'tricorder' in your pocket, Cold Spring Harbor Laboratory
